يكشف الفحص العياني والمجهري للأعضاء الحشوية عن الأطوار اليرقية لـ E. granulosus s.l. وE. multilocularis في العوائل الوسيطة المصابة بداء المشوكات / الأكياس العدارية (echinococcosis; Echinococcus granulosus, E. multilocularis). يمتد عزل الطفيلي إلى العوائل النهائية أيضًا، إذ يتطلب تشخيص الداء في الكلاب وآكلات اللحوم الأخرى إظهار الديدان الشريطية البالغة في الأمعاء الدقيقة، أو كشف مستضدات نوعية أو DNA نوعي في البراز.
فحص محتوى الكيس
للبحث عن الرؤيسات الأولية (protoscoleces)، توصي المنظمة العالمية لصحة الحيوان (WOAH) بغسل محتوى الكيس بمحلول ملحي وفحصه تحت المجهر بعدسة شيئية ×4. قد تكون بعض أكياس داء المشوكات الكيسي (CE) عقيمة لا تحتوي على رؤيسات أولية.
الديدان البالغة ودراسة شكلها
تشدّد المنظمة العالمية لصحة الحيوان (WOAH) على ضرورة عزل دودة Echinococcus البالغة وتحديدها، إذ لا يمكن في ظروف الفحص البرازي المعتادة تمييز بيض Echinococcus عن بيض Taenia. تصف المنظمة العالمية لصحة الحيوان ديدان Echinococcus السليمة بأنها هشّة، وترى أن الأفضل لأغراض الدراسة الشكلية التعامل معها في محلول ملحي عادي بماصة باستور، وتوصي بتثبيتها في فورمالين بتركيز 5–10%.
العلامة المميزة ليرقات المشوكات
يمكن عدّ وجود طبقة صفائحية لاخلوية موجبة لتفاعل حمض البيريوديك-شيف (periodic-acid-Schiff, PAS) سمةً نوعية ليرقات (metacestodes) أنواع Echinococcus، وتقع هذه الطبقة تحت طبقة من النسيج الضام، مع غشاء منتش خلوي ذي نوى في داخلها أو بدونه.
السلامة الحيوية
تنبّه المنظمة العالمية لصحة الحيوان إلى أن من يجري إجراءات عزل الطفيلي وفحصه معرّض لخطر العدوى والمرض الشديد، وتشترط تقليل هذا الخطر بإجراءات السلامة الحيوية والاحتواء المناسبة التي يحددها تحليل المخاطر الحيوية.