ما الذي يكشفه
لأغراض الدراسات الوبائية وفهم سلاسل الانتقال وديناميكياته وتطور المعقّد، يتزايد الاعتماد الروتيني على تحديد تسلسل الجينوم الكامل (whole genome sequencing, WGS) في التنميط الجيني (genotyping) للعزلات والتمييز بينها، وقد باتت جينومات أفراد معقّد المتفطرة السلية (MTBC) جميعًا محددة التسلسل. وقد طُوّرت تقنيات متنوعة للبصمة الوراثية (DNA fingerprinting) لتمييز أفراد المعقّد لأغراض الوبائيات الجزيئية، وهي تفيد في تحديد مصادر المنشأ وتتبعها، ورصد انتقال أفراد المعقّد وانتشارهم داخل القطعان وعلى مستوى العالم.
المبدأ
على مستوى النوع، يمكن التعرف على أفراد المعقّد بالكشف عن وجود أو غياب مناطق الاختلاف الجينومية (regions of difference) أو تعدد أشكال النوكليوتيد المفرد (single-nucleotide polymorphisms) المحددة للنوع، أما التعرف على ما دون النوع فيتم بالتنميط الجزيئي كالتنميط بالمباعدات (spoligotyping) أو، على نحو متزايد، بتحليل تسلسل الجينوم الكامل.
متى يُستخدم
يقف WGS إلى جانب التنميط بالمباعدات وتنميط الوحدات المتكررة المتناثرة في المتفطرات ذات الأعداد المتغيرة من التكرارات الترادفية (MIRU-VNTR) أدواتٍ لتتبع السلالات والتحريات الوبائية. ويذكر مركز الأمن الغذائي والصحة العامة في جامعة ولاية أيوا (CFSPH) التنميط بالمباعدات والتنميط متعدد المواقع للتكرارات الترادفية (MLVA) وWGS تقنياتٍ وراثية تُستعمل لأغراض وبائية، منها تتبع الفاشيات.
مقارنة بطرق التنميط الأخرى
كثيرًا ما جُمع التنميط بالمباعدات مع MIRU-VNTR لزيادة القدرة التمييزية لتنميط المعقّد، وتُستعمل حاليًا مقايسة MIRU-VNTR بـ24 موقعًا (24-loci) لـM. tuberculosis، في حين يوصي دليل المنظمة العالمية لصحة الحيوان (WOAH) في M. bovis وM. caprae بتحسين توليفة المواقع لكل منطقة لخفض الكلفة والوقت مع بلوغ أقصى قدرة تمييزية.