تحديد التسلسل الجيني لفيروس إنفلونزا الطيور

يُستعمل تحديد التسلسل الجيني (gene sequencing) بصورة متزايدة في التوصيف المفصل لفيروسات إنفلونزا الطيور (avian influenza) لأغراض الوبائيات الجزيئية، وفي تحديد النمط الفرعي وتعريف واسمات مدى العائل ومنها خطر الانتقال إلى الإنسان (zoonotic risk)، بحسب المنظمة العالمية لصحة الحيوان (WOAH). استُعملت التسلسلات النوكليوتيدية تقليديًا في وبائيات الفاشيات لاستنتاج أصل الفيروس والعلاقات الدقيقة بين الفيروسات المرتبطة بالحدث نفسه، دعمًا لإدارة الفاشية.

ما الذي يكشفه

تُقارَن تسلسلات جيني الراصّة الدموية والنورامينيداز سريعًا بالتسلسلات المعروفة لجميع الأنماط الفرعية في قواعد البيانات الجينية، فيظهر أقرب تطابق ويتحدد النمط الفرعي والعلاقات التطورية (phylogenetic). تتيح ترجمة تسلسلات القطع الجينومية كلها إلى تسلسلات أحماض أمينية التنقيب عن سمات أخرى للفيروس، مثل الانتحاء (tropism) والحساسية المتوقعة للأدوية المضادة للفيروسات، وهي معلومات بالغة القيمة لإدارة الفاشيات.

طرق التسلسل

لا تزال منهجية سانجر (Sanger sequencing)، المستعملة على نطاق واسع منذ عقود، واسعة الفائدة، وهي تحدد بسرعة جينًا هدفًا واحدًا عادةً هو جين H خلال 24–36 ساعة لتعريف إمراضية الفيروس. تُطبَّق التحليلات التسلسلية بصورة متزايدة على مستوى الجينوم الكامل للكشف عن الأنماط الجينية للفيروس وإضفاء نوعية تحليلية أعلى.

التسلسل في المختبر والميدان

تفتح تقنيات التسلسل، مع انخفاض تكلفة الوحدة بتحسن التقنية، فرصًا قوية للكشف والتسلسل معًا من العينات السريرية في المختبر أو الميدان، ومن أمثلتها تقنية النانوبور (nanopore).