تذكر المنظمة العالمية لصحة الحيوان (WOAH) أن تفاعل البوليميراز المتسلسل (polymerase chain reaction, PCR) النوعي لفيروسات Capripoxvirus، مقرونًا بالتاريخ السريري، يؤكّد مرض الجلد العقدي (lumpy skin disease, LSD) مخبريًا لدى الأبقار، ومن صيغه الآنية الكمية اختبارات صُمّمت للتفريق بين سلالات الفيروس المبنية على سلالة Neethling، التي كثيرًا ما تُستعمل في التحصين، والسلالات البرية من العنقود 1.2 (cluster 1.2). يُجرى الاختبار بصيغة تقليدية أو آنية (real-time)، ولا يمنع وجود الأضداد المعادِلة (neutralising antibody) لدى الحيوان من جمع عيناته.
العينة وهدف التضخيم
تناسب الطريقة التقليدية القائمة على الهلام (gel-based) ثلاثة أنواع من العينات هي الدم المسحوب في أنابيب EDTA والسائل المنوي ومزارع الخلايا، ويصفها فصل WOAH بأنها بسيطة وسريعة وحساسة في الكشف عن جينوم الفيروس. صُمّمت بادئات (primers) هذه الطريقة انطلاقًا من الجين المرمِّز لبروتين الارتباط الفيروسي (viral attachment protein)، وطول ناتج التضخيم (amplicon) المتوقع 192 زوجًا قاعديًا.
حدود اختبارات التفريق بين اللقاح والفيروس البري (DIVA)
تعجز اختبارات PCR المصمَّمة للتفريق بين سلالة اللقاح والسلالة البرية، المعروفة باختبارات DIVA، عن الفصل بين سلالة Neethling اللقاحية وكلٍّ من السلالات المأشوبة (recombinant) الجديدة المعزولة من فاشيات في آسيا، والفيروسات البرية التاريخية من جنوب أفريقيا المنتمية إلى العنقود 1.1. لتجاوز هذه القيود توصي WOAH بتحديد تسلسل الجينوم الكامل (whole genome sequencing).
مقارنة بعزل الفيروس وبالطرق الجزيئية الأخرى
يبقى الحمض النووي الفيروسي قابلًا للإثبات بـ PCR مدة تصل إلى 3 أشهر من أول ظهور للآفات الجلدية، بينما يمكن عزل الفيروس نفسه مدة تصل إلى 35 يومًا. تشير تقارير منشورة إلى أن طرق PCR الآنية الكمية أسرع من طرق PCR التقليدية وأعلى منها حساسية.