بعد التعرف الافتراضي أو المؤكد على عزلة Pasteurella multocida، يمكن التمييز بين العزلات بطرق البصمة الجينية (genotypic fingerprinting). والبصمة الجينية بـPCR في متناول أي مختبر يملك قدرة PCR، وقد استُعملت عدة طرق منها لهذا الغرض.
الطرق وما تكشفه
- أثبت تحليل إنزيمات القطع (restriction endonuclease analysis, REA) بالإنزيم HhaI فائدته في توصيف أنماط B المسببة للتسمم الدموي النزفي (haemorrhagic septicaemia, HS)، وقد ظهرت 20 بصمة بين 71 عزلة من الزمرة المحفظية B.
- في المقابل، أعطت 13 عزلة من الزمرة E بصمة HhaI واحدة، وأمكن التمييز بينها بعد الهضم بـHpaII.
- يوفر التنميط الريبي (ribotyping) وفصل قطع الحمض النووي الكبيرة بالرحلان في الحقل النبضي (pulsed-field gel electrophoresis) تمييزاً مفيداً بين عزلات الزمرتين B وE.
- ميّز تحليل PCR للتسلسلات المتكررة عزلات الطيور من عزلات الخنازير، لكن جميع السلالات المسببة للمرض التي حُللت أظهرت بصمات متشابهة.
- وجد التنميط بتسلسل مواقع متعددة (MLST) لـ55 عزلة مرتبطة بالمرض أن أغلبها من الطراز ST122 (50 عزلة)، وأن ST63 وST147 وST162 نادرة.
التنوع بين السلالات
وُجد حديثاً تنوع جزيئي بين سلالات الزمرة B المسببة للمرض. وفي دراسة بالمملكة المتحدة شملت 79 عزلة حقلية من أنواع مختلفة، ظهر تسعة عشر طرازاً من 16S rRNA تجمّعت في سلالتين تطوريتين متمايزتين.
مقارنة بالاختبارات الأخرى
تختلف هذه الطرق عن اختبارات التعرف في الغرض: فمقايسات PCR النوعية للنوع تتعرف على جميع سُلَيلات P. multocida، أما البصمة الجينية فتميّز العزلات بعضها من بعض. ويستهدف اختبار HS-est الآني الطرز الأربعة نفسها التي كشفها MLST بين عزلات المرض.