يكشف تفاعل البوليميراز المتسلسل بالنسخ العكسي المتداخل (nested RT-PCR) الحمض النووي لفيروس غرب النيل (West Nile virus, WNV)، وقد طُوّرت الطريقة التي تعرضها المنظمة العالمية لصحة الحيوان (WOAH) لكشف السلالة الوراثية الأولى (lineage 1). تصفه WOAH بأنه أكثر صيغ RT-PCR حساسية، وتوصي به لفحص أنسجة دماغ الثدييات أو العينات التي قد تحوي كمية قليلة من الفيروس.
العينة
تصلح لفحوص RT-PCR الخاصة بالفيروس عينات دماغ الثدييات، ودماغ الطيور وكليتها وقلبها وكبدها وطحالها وأمعاؤها، إضافة إلى مجمّعات الحشرات.
متى يُستخدم
بحسب WOAH يمكن الاستعانة بطرق RT-PCR لإعلان خلو الطيور الداجنة من العدوى.
تفسير النتيجة وحدوده
تُقرأ العينة الإيجابية من حزمتين محتملتين: حزمة بطول 445 زوجاً قاعدياً ناتجة عن تضخيم البادئات الخارجية وحدها، و/أو حزمة بطول 248 زوجاً قاعدياً ناتجة عن التضخيم المتداخل. يحمل نقل ناتج البادئات الخارجية إلى أنابيب التفاعل المتداخل خطر تلوث متصالب بنواتج التفاعل الأول، وتشترط WOAH اتخاذ تدابير لتجنبه. تبقى كفاءة الطريقة التقليدية في كشف السلالات الوراثية الأخرى من الفيروس غير معروفة.
مقارنة بالاختبارات الأخرى
يكشف التفاعل الآني الذي تورده WOAH السلالتين الأولى والثانية، بينما تتميز الطريقة المتداخلة التقليدية بحساسية أعلى في كشف سلالات أمريكا الشمالية، وبخاصة في العينات الحقلية من الخيل. يقابل هذه الحساسية ثمنٌ عملي، هو ممارسات مخبرية صارمة لتفادي التلوث تفرضها الطريقة المتداخلة.