يكشف تفاعل البوليميراز المتسلسل بالنسخ العكسي الآني (real-time RT-PCR) الحمض النووي لفيروس غرب النيل (West Nile virus, WNV)، ويتميز الإصدار الذي تورده المنظمة العالمية لصحة الحيوان (WOAH) بقدرته على كشف السلالتين الوراثيتين الأولى والثانية (lineage 1 and lineage 2). تبقى النتائج الإيجابية بهذه الطريقة نادرة في الخيل، ولذلك توصي WOAH بتأكيد الحالات المشتبهة باختبارات مصلية مثل إليزا لالتقاط IgM وتحوّل المصل المقيس باختباري PRN أو VN.
ما الذي يكشفه
تُظهر سلالات من السلالة الأولى جُمعت من فرنسا ومصر وإسرائيل وإيطاليا وكينيا والمكسيك وروسيا تسلسلاً نيوكليوتيدياً شديد الحفظ في المنطقة المستهدفة، أياً كان النوع الذي عُزلت منه.
المبدأ
يمكن إدراج شاهد داخلي (internal control) مع بادئات ومسبار شاهدة للتحقق من صحة ظروف الاختبار.
تفسير النتيجة وحدوده
بحسب WOAH، تُقرأ النتيجة من قيمة دورة العتبة (Ct): 37 أو أقل تعني نتيجة إيجابية، ومن 37.1 إلى 42 نتيجة مشتبهة ينبغي إعادتها، وما فوق 42 نتيجة سلبية. يتيح تحديد تسلسل الناتج المضخَّم (amplicon) ومحاذاته مع سلالات مرجعية للفيروس التعرّف على السلالة. تؤكد WOAH أهمية مراقبة تصاميم اختبارات PCR باستمرار وتحديثها عند الحاجة، في ضوء التطور المستمر للفيروس واحتمال ظهور سلالات جديدة.
مقارنة بالاختبارات الأخرى
يجمع هذا التفاعل السلالتين في فحص واحد، في حين طُوّرت الطريقة المتداخلة لكشف السلالة الأولى وتصفها WOAH بأنها أكثر صيغ RT-PCR حساسية. تمنح قراءة Ct ثلاث فئات واضحة للنتيجة، ويضيف إليها تحديد تسلسل الناتج قدرة على التعرّف على السلالة.